『命运 冠位指定』的故事是由包括原作者奈绪蘑菇在内的Fate系列作家阵容为本游戏全新撰写的，超过100万字超大量主线剧情。全7章的主线剧情会将人类史上的7个时代作为故事的舞台。同时登场的所有从者都有个人剧情。玩家可从中欣赏身为御主的您与从者的故事，或是从者们之间的故事。掌握着各从者剧情关键的，是身为御主的您与从者之间的羁绊。